DERSLER

TIP BİLİŞİMİ DERSLERİ
MIN 502 Tıp Bilişimine Giriş Bu ders tıp bilişimine ve onun uygulamalarına genel bir bakış sunmaktadır. İşlenen temel konular arasında verinin sistematik olarak işlenmesinin gerekçeleri, tıp ve sağlık hizmetlerinde malumat(information) ve bilgi(knowledge), tıpta ve sağlık bilimlerinde bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanmanın yararları ve güncel kısıtları, bir disiplin olarak tıp bilişimi, tıbbi veri ve kayıtlar, kodlama sınıflandırması, veritabanı ve referans modelleri, arayüzler, veri edinim işleme ve değişim standartları, tıbbi bilgi karar ve tanı desteği, tıbbi bilişim sistemleri, idari klinik ve yardımcı bilişim sistemleri, uygulama ve değerlendirmeler, teletıp ve internet uygulamaları ile sağlık uzmanlarının uygulama ve karar desteği için bilgi işlem araçlarının sorumlu kullanımı bulunmaktadır.	TEMEL	Ders Çizelgesi
MIN 528 Bilişim Sistemleri için Matematiğin Temelleri Bu dersin amacı altyapısı teknik olmayan lisansüstü öğrencilerini mühendislik matematiğinin teknikleri ve temel teorisiyle tanıştırmaktır. Derste öğretilen temel teorinin yanı sıra MATLAB aracının kullanıldığı uygulamalı ödevler de olacaktır. Ders; Temel Kalkülüs ( İşlevler, Süreklilik, İntegraller, Türevler, Diziler, Seriler, Diferansiyel Denklemler ve Nümerik Uygulamaları), Doğrusal Cebir, Optimizasyon, Fourier Dönüşümü, Sinyal İşleme ve Filtrelemenin Temelleri gibi konuları kapsamaktadır.	TEMEL	Ders Çizelgesi
MIN 545 Nesne Yönelimli Programlama ve Veri Yapıları Temel Nesne Yönelimli Programlama İlkeleri modern bir programlama dili kullanılarak tartışılacaktır. Algoritma geliştirmede önemli olan Veri Yapılarının uygulanmasında teorik yaklaşımlar geliştirilecektir. Dersin temeli Java veya Python kullanımına dayanacaktır. Programlama dilinin öğreniminde bir miktar okuma yapmaya ve daha da önemlisi pratik yapmaya gereksinim vardır.	TEMEL
MIN 590 Lisansüstü Seminerleri	ZORUNLU
MIN 599 Yüksek Lisans Tezi	ZORUNLU
MIN 699 Doktora Tezi	ZORUNLU
MIN 589 Dönem Projesi	Tezsiz YL için Zorunlu
MIN 503 Elektronik Sağlık Kayıtları ve Kodlaması Bu ders elektronik sağlık kayıtlarına genel bir bakış sağladıktan sonra bilgisayar tabanlı hasta kayıtlarını/elektrik sağlık kayıtlarını tanıtmaktadır. Konular arasında veri girişi, asgari veri setleri, elektronik sağlık kayıtlarının genel uygulamaları, sağlık ve tıp bilişiminde standartlar, kodlama ve standardizasyonun önemi, CPR’nin klinik kullanımları vardır. CPR’ın temel bakımda kullanımından özelleşmiş klinik/bölümsel bilişim sistemleri ve Sağlık Bilişim Sistemleri uygulamalarına tıbbın tüm alanlarındaki güncel uygulamalar derste verilecektir. Ayrıca, tıbbi kodlama ve sınıflandırmanın gerekçeleri anlatılacaktır. Temel konular arasında sınıflandırmanın tarihçesi, ICD, SNOMED, MESH, ICPC, CPT gibi önemli sınıflandırma sistemleri ve bu kodlama sistemlerinin pratik uygulama ve kullanımları vardır.	Teknik Seçmeli
MIN 505 Nörogörüntüleme: İnsan Beyninin Anatomisi, Fizyolojisi ve İşlevi Bu ders anatomi, fizyoloji ve işlev olmak üzere nöroinformatiğin bir alt dalı olan nörogörüntülemenin üç yönünü tanıtmaktadır. Nöroanatomi ve insan beyninin işlevi üzerine teorik bilgi, çevrimiçi veri analiz paketlerini kullanarak yapılacak etkin katılımlı uygulamalarla tamamlanacaktır. Beynin anatomisi MR uygulamaları üzerinden hacimsel ve şekilsel teknikler kullanılarak incelenecektir. Beyin fizyolojisi hücresel mimari üzerinden incelenecektir. Beynin işlevi, fMRI ağırlıklı olmak üzere pet, spect, meg ve egg gibi çeşitli tekniklerle incelenecektir.	Teknik Seçmeli
MIN 506 Manyetik Rezonans ile İleri Düzey Nörogörüntüleme Yapısal ve işlevsel beyin görüntülemede yeni teknikler çalışılacaktır. Voksel tabanlı morfometri, difüzyon tensör görüntüleme, olasılıksal hücremimarisel haritalar ayrıntılı olarak işlenecektir. Bağımsız bileşen analizi, dinamik nedensel modelleme, atıl durum ağları ve arteriyel dönüş etiketlenmesi çalışılacaktır. Ortak kullanıma açık nörogörüntüleme araç setleri kullanılarak etkin katılımlı alıştırmalar yapılacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 524 Tıbbi Görüntülemenin Temelleri: Kazanım ve Yeniden Oluşturma Bu ders X-ışını, CT, MRI, SPECT, PET, Ultrason gibi temel tıbbi görüntüleme modalitelerini kapsamaktadır. Veri kazanımı ve görüntü yeniden oluşturma kavramlarının fiziği ve matematiksel modelleri hem teorik olarak hem MATLAB’da uygulamaya dayalı ödevlerle çalışılacaktır. Dedektör gürültüsü, çözünürlük, nokta yayılım fonksiyonu, modülasyon transfer fonksiyonu, örnekleme, kontrast ve lezyon tespit edilebilirliği gibi tıbbi görüntüleme sistem özellikleri de tartışılacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 530 Tıbbi Görüntü Analizi Bu dersin amacı lisansüstü öğrencileri tıbbi görüntü analizinin temel teorisi ile görüntü iyileştirme, otomatik ve yarı-otomatik görüntü segmentasyonu, görüntü kantifikasyonu (şekil ve doku analizi, özellik ekstraksiyonu), bilgisayar-destekli tanı, görüntü hizalama ve birleştirme gibi tekniklerle tanıştırmaktır.	Teknik Seçmeli	Ders Çizelgesi
MIN 533 Beyin Dinamiği ve Salınımlar Bu ders beyin dinamiğini yüksek zamansal-çözünürlükle yakalamada önemli olan EEG ve MEG veri analizi araçlarını tanıtmaktadır. Nöron etkinliği ile elektromanyetik haritalama arasındaki ilişki, ölçülen sensör verileri için gerekli fizik, beyin kaynak lokalizasyonu ve belirlenmesi gibi konular sunulacaktır. Çeşitli ön-işleme araçları, zaman-frekans analizi beyin kaynak yeniden oluşturma yöntemleri de ders kapsamındadır. Teori, EEG ve MEG veri setlerinin popüler ücretsiz çevrimiçi analiz paketleriyle tüm analizinin gösterildiği etkin katılımlı ders saatleri ile tamamlanacaktır. Beynin işlevsel görüntüsü MR görüntüleri üzerine yansıtılan simüle edilmiş ve gerçek EEG ve MEG verileriyle çalışılacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 535 Biyolojik Sinyal Analizi Bu ders nöral ve kardiyak ritimlerden kas etkinliğine çeşitli biyomedikal sinyalleri yorumlamaya yarayan temel araçları sunmaktadır. Olasılıksal bir sinyal işleme yaklaşımıyla, zaman-frekans analizi gibi geleneksel yöntemler ile fraktallar, kendine-benzerlik, karşı-frekans analizi eşleşmesi ve bağımsız bileşen analizi gibi daha yeni yöntemler tanıtılmaktadır. Teori olarak işlenen yöntemler bunların pratikte kullanımını vurgulayan ve harekete geçmelerini sağlayan biyomedikal veri uygulamalarıyla tamamlanacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 537 Biyomedikal Uygulamalar için Sinir Ağları Bu ders; biyolojik sinyallerin ana-özelliklerini örüntüleri sınıflandırmaya, modeller inşa etmeye, sonuçlar tahmin etmeye ve kararlar vermeye yönelik olarak eğiten “sinir ağları”nı tanıtmaktadır. Temel kılavuzlu ve kılavuzsuz sinir ağları algoritmaları tanıtılacak ve bunlar fMRI, EEG, MEG, EOG, EMG ve ECG gibi biyolojik sinyaller üzerine uygulanacaktır. Yapay sinir ağları ve biyomedikal sinyal işleme ortak alanındaki en son gelişmeler ders kapsamındadır.	Teknik Seçmeli
MIN 539 Biyo-esinli ve Klasik Optimizasyon Karar vermeye yönelik çeşitli problemlerde doğru optimizasyon kritik öneme sahiptir. Bu ders kısıtlı ve kısıtsız optimizasyon problemlerinin çözümü için fikirler ve yöntemler tanıtmaktadır. Yöntemler arasında hem geleneksel hem de biyolojiden esinlenilmiş yaklaşımlar bulunmaktadır. Geleneksel yöntemler arasında temelde gradiyent bazlı yöntemler ve doğrusal&konveks programlama varken; biyolojiden esinlenilen yöntemler, evrimsel programlamadan sinir ağlarına ve koloni zekasına uzanan geniş bir yelpazede yaklaşımları içermektedir. Tüm yöntemlerin teorik formülasyonları bunların avantaj ve dezavantajlarını, kullanımlarını belirterek sunulacaktır. Tamamlayıcı olarak, bu formülasyonların yaygın görülen problemlerde uygulanabilirliğini göstermek amacıyla ders bilgisayar alıştırmalarıyla desteklenecektir.	Teknik Seçmeli
MIN 550 Sistem Nörobilimi Nöronlarda elektriksel ve kimyasal sinyalleme tanıtılacaktır. Merkezi sinir sisteminin alt bileşenleri, morfolojik ve işlevsel yönleri işlenerek yoğun bir şekilde çalışılacaktır. Görsel, işitsel, kokusal ve somatosensöriyel yolaklarda duyusal işleme tartışılacak ve her bir sistem için laboratuvar deneyleri gerçekleştirilecektir. Motor devreler ve otonom sinir sistemi çalışılacak; klinik kanıtlar dahil edilecektir.	Teknik Seçmeli
MIN 555 Bilişsel Nörobilimin İlkeleri Bu ders bilişsel sinirbilimin yapıtaşlarını hem yöntemsel hem kavramsal olarak tanıtmaktadır. İşlevsel manyetik rezonans görüntüleme, elektroansefalografi, göz-izleme gibi temel yöntemler ayrıntılı olarak çalışılacak ve bu ölçümlerin altında yatan fizyolojik temeller tartışılacaktır. Bu araçları kullanarak beyin işlevinin ölçümü etkin katılımlı alıştırmalarla örneklenecektir. Beynin dil, hafıza, dikkat, yönetimsel işlevler gibi temelleri ve bunların nörobilimsel altyapısı kavramsal olarak araştırılacaktır. Psikiyatride ve nörolojide klinik örnekler (örn. Şizofreni, depresyon, Parkinson Hastalığı) ve etkin araştırma alanları (yaşlanma, gelişme, atıl durum) tanıtılacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 701 Sağlık Bilişim Sistemleri ve Telesağlık için Ağ İletişimi Bu ders, sağlık bilişimi bakış açısıyla bilgisayar ağ iletişiminin temellerini özetleyerek, öğrencileri telesağlığın temel kavramlarıyla tanıştırmaktadır. Bilgisayar ağ iletişimi konuları arasında donanım ve yazılım bileşenleri, protokol katmanları, uygulama katman protokolleri, soket programlama, İnternet protokolü, çoklu-ortam ağ iletişimi ve bölgesel alan ağları bulunmaktadır. Telesağlık konuları tarihçe, tanımlar ve güncel uygulamalardan başlanarak tartışılacaktır. Daha sonra, başarılı telesağlık projelerinin avantajları ve bunların kısıtları üzerinde durulacak, telesağlık proje türleri tartışılacak ve güvenlik ile yasal sorunlar işlenecektir. Sanal gerçeklik gibi daha ileri düzey konular da sunulacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 702 Sağlık Bilişiminde Değerlendirme Yöntemleri Sağlık bilişimi çok-yüzlü disiplinlerarası bir araştırma alanıdır. Bu alanda, klinik bilişim sistemlerine, doğru araştırma tasarımına, sürdürülmesine, ölçüm tekniklerine, çalışma analizlerine, geniş kapsamlı nicel ve nitel tekniklere gereksinim olduğu açıktır. Bu ders, tüm profesyonel düzeydeki tıp bilişimcileri için faydalı olacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 703 Tıbbi Görüntüleme Uygulamaları Bu ders tıbbi görüntüleme uygulamalarına ve Radyoloji Bilişim Sistemlerine genel bir bakış sunmaktadır. X-ışını radyografisinin pratik uygulamaları, hesaplı tomografi, manyetik rezonans görüntüleme, ultrason ve ultrasonografi, Doppler ultrasonu ve Doppler ultrasonografisi, hesaplamalı radyoloji, dijital radyoloji, radyoloji bilişim sistemleri ve diğer tıbbi görüntüleme teknikleri kısaca tanıtılacaktır. Tıbbi görüntüler üzerinde çeşitli görüntü işleme uygulamaları klinik ve teknik bakış açılarıyla tanıtılacaktır.	Teknik Seçmeli
MIN 704 Belirsizlikte Muhakeme Belirsizlik modelleri ve bilgi gösterimleri: belirsizlik çeşitleri (tahmine yönelik, geriye dönük, tanısal, kuralcı) ve belirsizlik ölçüleri (tam olmama, kesin olmama). Bilginin entropi ve küme-teorik gösterimi. Belirsizliğin en aza indirgenmesi. Belirsizlikte karar verme. Tıp bilişimine uygulamaları.	Teknik Seçmeli
MIN 710 Tıp Bilişimi için Veri Tabanı Uygulamaları İlişkisel veritabanı yönetim sistemlerinde Veritabanı Yönetimi Sistem Teorisi: E-R diyagramları, Normal Formlar, Hareket İşleme. SQL veri sorgu dili. Bu konularda Sağlık Bilişimi Sistemlerinden örneklerle ödevler ve alıştırmalar. Nesne-yönelimli veritabanları, ve bunların tıp bilişiminde kullanımı. Sağlık Bilişim Sistemlerinde arketipler ve semantik sistemler. Tıp bilişiminde birlikte çalışabilirlik ve meta-veri üzerine standartlar.	Teknik Seçmeli
MIN 711 Tıbbi Görüntü Analizinde İleri Konular Bu ders, tezlerini tıbbi görüntü analizi alanında yapmak isteyen lisansüstü öğrencilere yöneliktir. Tıbbi görüntü analizinde çeşitli ileri düzey konular tanıtılacaktır: doğrusal olmayan görüntü iyileştirimi, organ segmentasyonu, lezyon tespiti, dalgacık dönüşümü, özellik çıkarımı, bilgisayar destekli tanılama, etkin şekil modeli, çok modlu birleştirme, içerik temelli görüntü kazanımı, cerrahi navigasyon için arttırılmış gerçeklik.	Teknik Seçmeli
MIN 715 Sağlık Hizmetleri için Gelecek Çalışmaları Bu ders, geleceği ve sağlık hizmetleri sunumumuzu biçimlendiren sorunların ve eğilimlerin en önemlilerini gözden geçirerek temel varsayımlar ve teorileri işlemektedir. Ders boyunca dört temel öngörü becerisi işlenecektir: Geleceği yaratma (ürün ve hizmetlerin inovasyonu), geleceği keşfetme (modeller, eğilim belirleme ve hizmetler), geleceği planlama (paylaşılan hedefler ve süreçler geliştirme) ve geleceğe katkı sağlama (ölçülebilir pozitif çevresel, sosyal veya ekonomik sonuçlara ulaşma). Gelecek çalışmalarının büyük resmi evrensel, tarihsel ve teknolojik boyutlarda hız kazanan değişimlerin öyküsü üzerinden keşfedilecektir. Sağlık hizmetlerinde gelecek eğilimleri ve ortaya çıkan yaklaşımlar ile biyoloji, psikoloji, toplum ve kültürün gelecekle ilgili düşünmeye nasıl katkıda bulunduğu veya bunu nasıl kısıtladığı tartışılacaktır. Organizasyonların gelecekle ilgili hesapları nasıl yaptığı işlenerek öğrenciye çeşitli alanlardaki kariyer beklentilerini keşfetme fırsatı verilecektir.	Teknik Seçmeli	Ders Çizelgesi
MIN 717 Mobil Sağlık Mobil teknolojilerin sağlık bilişimi ile bütünleştirilmesi “msağlık” veya “mobil sağlık” olarak adlandırılan yeni bir inovatif araştırma disiplinine zemin hazırlamıştır. Bu ders; temel düşünceler, araçlar, vaka çalışmaları ve taşınırlığın sağlık sektörüne katkılarını kapsayacaktır. İşlenecek konular arasında; taşınır ve kablosuz kavramları, mobil sağlık ve yönetim için tıp bilişimi, hastanede ve farklı ortamda hasta izleme, tıbbi beden sensör ağları, bağlam-farkında sistemler, mobil sağlık performansı bulunmaktadır. Bu ders, teorik kavramlara ilişkin tartışmalar, vaka çalışmaları, kısa sınavlar, kritik okuma ödevleri, bir arasınav ve bir dönem projesi içermektedir.
MIN 720 Biyomedikal Uygulamalar için Örüntü Sınıflandırması Karar vermede bir araç olarak örüntü sınıflandırmasına giriş. İstatistiksel yaklaşımlar. Bayes Sınıflandırması. Parametre Tahmini. En yakın komşu kuralı. Doğrusal Diskriminant İşlevler. Sinir Ağları. Destek Vektör Makineleri (Support Vector Machines). Ağaç sınıflandırması. Çoklu-sınıflandırıcılar. Kümeleme. Biyoloji ve tıpta çeşitli uygulamalar.	Teknik Seçmeli
MIN 8XX Özel Çalışmalar	Özel Çalışmalar
MIN 9XX İleri Çalışmalar	İleri Çalışmalar

TIP BİLİŞİMİ DERSLERİ

MIN 502 Tıp Bilişimine Giriş

Bu ders tıp bilişimine ve onun uygulamalarına genel bir bakış sunmaktadır. İşlenen temel konular arasında verinin sistematik olarak işlenmesinin gerekçeleri, tıp ve sağlık hizmetlerinde malumat(information) ve bilgi(knowledge), tıpta ve sağlık bilimlerinde bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanmanın yararları ve güncel kısıtları, bir disiplin olarak tıp bilişimi, tıbbi veri ve kayıtlar, kodlama sınıflandırması, veritabanı ve referans modelleri, arayüzler, veri edinim işleme ve değişim standartları, tıbbi bilgi karar ve tanı desteği, tıbbi bilişim sistemleri, idari klinik ve yardımcı bilişim sistemleri, uygulama ve değerlendirmeler, teletıp ve internet uygulamaları ile sağlık uzmanlarının uygulama ve karar desteği için bilgi işlem araçlarının sorumlu kullanımı bulunmaktadır.

TEMEL

Ders Çizelgesi

MIN 528 Bilişim Sistemleri için Matematiğin Temelleri

Bu dersin amacı altyapısı teknik olmayan lisansüstü öğrencilerini mühendislik matematiğinin teknikleri ve temel teorisiyle tanıştırmaktır. Derste öğretilen temel teorinin yanı sıra MATLAB aracının kullanıldığı uygulamalı ödevler de olacaktır. Ders; Temel Kalkülüs ( İşlevler, Süreklilik, İntegraller, Türevler, Diziler, Seriler, Diferansiyel Denklemler ve Nümerik Uygulamaları), Doğrusal Cebir, Optimizasyon, Fourier Dönüşümü, Sinyal İşleme ve Filtrelemenin Temelleri gibi konuları kapsamaktadır.

TEMEL

Ders Çizelgesi

MIN 545 Nesne Yönelimli Programlama ve Veri Yapıları

Temel Nesne Yönelimli Programlama İlkeleri modern bir programlama dili kullanılarak tartışılacaktır. Algoritma geliştirmede önemli olan Veri Yapılarının uygulanmasında teorik yaklaşımlar geliştirilecektir. Dersin temeli Java veya Python kullanımına dayanacaktır. Programlama dilinin öğreniminde bir miktar okuma yapmaya ve daha da önemlisi pratik yapmaya gereksinim vardır.

TEMEL

MIN 590

Lisansüstü Seminerleri

ZORUNLU

MIN 599

Yüksek Lisans Tezi

ZORUNLU

MIN 699

Doktora Tezi

ZORUNLU

MIN 589

Dönem Projesi

Tezsiz YL için Zorunlu

MIN 503 Elektronik Sağlık Kayıtları ve Kodlaması

Bu ders elektronik sağlık kayıtlarına genel bir bakış sağladıktan sonra bilgisayar tabanlı hasta kayıtlarını/elektrik sağlık kayıtlarını tanıtmaktadır. Konular arasında veri girişi, asgari veri setleri, elektronik sağlık kayıtlarının genel uygulamaları, sağlık ve tıp bilişiminde standartlar, kodlama ve standardizasyonun önemi, CPR’nin klinik kullanımları vardır. CPR’ın temel bakımda kullanımından özelleşmiş klinik/bölümsel bilişim sistemleri ve Sağlık Bilişim Sistemleri uygulamalarına tıbbın tüm alanlarındaki güncel uygulamalar derste verilecektir. Ayrıca, tıbbi kodlama ve sınıflandırmanın gerekçeleri anlatılacaktır. Temel konular arasında sınıflandırmanın tarihçesi, ICD, SNOMED, MESH, ICPC, CPT gibi önemli sınıflandırma sistemleri ve bu kodlama sistemlerinin pratik uygulama ve kullanımları vardır.

Teknik Seçmeli

MIN 505 Nörogörüntüleme: İnsan Beyninin Anatomisi, Fizyolojisi ve İşlevi

Bu ders anatomi, fizyoloji ve işlev olmak üzere nöroinformatiğin bir alt dalı olan nörogörüntülemenin üç yönünü tanıtmaktadır. Nöroanatomi ve insan beyninin işlevi üzerine teorik bilgi, çevrimiçi veri analiz paketlerini kullanarak yapılacak etkin katılımlı uygulamalarla tamamlanacaktır. Beynin anatomisi MR uygulamaları üzerinden hacimsel ve şekilsel teknikler kullanılarak incelenecektir. Beyin fizyolojisi hücresel mimari üzerinden incelenecektir. Beynin işlevi, fMRI ağırlıklı olmak üzere pet, spect, meg ve egg gibi çeşitli tekniklerle incelenecektir.

Teknik Seçmeli

MIN 506 Manyetik Rezonans ile İleri Düzey Nörogörüntüleme

Yapısal ve işlevsel beyin görüntülemede yeni teknikler çalışılacaktır. Voksel tabanlı morfometri, difüzyon tensör görüntüleme, olasılıksal hücremimarisel haritalar ayrıntılı olarak işlenecektir. Bağımsız bileşen analizi, dinamik nedensel modelleme, atıl durum ağları ve arteriyel dönüş etiketlenmesi çalışılacaktır. Ortak kullanıma açık nörogörüntüleme araç setleri kullanılarak etkin katılımlı alıştırmalar yapılacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 524 Tıbbi Görüntülemenin Temelleri: Kazanım ve Yeniden Oluşturma

Bu ders X-ışını, CT, MRI, SPECT, PET, Ultrason gibi temel tıbbi görüntüleme modalitelerini kapsamaktadır. Veri kazanımı ve görüntü yeniden oluşturma kavramlarının fiziği ve matematiksel modelleri hem teorik olarak hem MATLAB’da uygulamaya dayalı ödevlerle çalışılacaktır. Dedektör gürültüsü, çözünürlük, nokta yayılım fonksiyonu, modülasyon transfer fonksiyonu, örnekleme, kontrast ve lezyon tespit edilebilirliği gibi tıbbi görüntüleme sistem özellikleri de tartışılacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 530 Tıbbi Görüntü Analizi

Bu dersin amacı lisansüstü öğrencileri tıbbi görüntü analizinin temel teorisi ile görüntü iyileştirme, otomatik ve yarı-otomatik görüntü segmentasyonu, görüntü kantifikasyonu (şekil ve doku analizi, özellik ekstraksiyonu), bilgisayar-destekli tanı, görüntü hizalama ve birleştirme gibi tekniklerle tanıştırmaktır.

Teknik Seçmeli

Ders Çizelgesi

MIN 533 Beyin Dinamiği ve Salınımlar

Bu ders beyin dinamiğini yüksek zamansal-çözünürlükle yakalamada önemli olan EEG ve MEG veri analizi araçlarını tanıtmaktadır. Nöron etkinliği ile elektromanyetik haritalama arasındaki ilişki, ölçülen sensör verileri için gerekli fizik, beyin kaynak lokalizasyonu ve belirlenmesi gibi konular sunulacaktır. Çeşitli ön-işleme araçları, zaman-frekans analizi beyin kaynak yeniden oluşturma yöntemleri de ders kapsamındadır. Teori, EEG ve MEG veri setlerinin popüler ücretsiz çevrimiçi analiz paketleriyle tüm analizinin gösterildiği etkin katılımlı ders saatleri ile tamamlanacaktır. Beynin işlevsel görüntüsü MR görüntüleri üzerine yansıtılan simüle edilmiş ve gerçek EEG ve MEG verileriyle çalışılacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 535 Biyolojik Sinyal Analizi

Bu ders nöral ve kardiyak ritimlerden kas etkinliğine çeşitli biyomedikal sinyalleri yorumlamaya yarayan temel araçları sunmaktadır. Olasılıksal bir sinyal işleme yaklaşımıyla, zaman-frekans analizi gibi geleneksel yöntemler ile fraktallar, kendine-benzerlik, karşı-frekans analizi eşleşmesi ve bağımsız bileşen analizi gibi daha yeni yöntemler tanıtılmaktadır. Teori olarak işlenen yöntemler bunların pratikte kullanımını vurgulayan ve harekete geçmelerini sağlayan biyomedikal veri uygulamalarıyla tamamlanacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 537 Biyomedikal Uygulamalar için Sinir Ağları

Bu ders; biyolojik sinyallerin ana-özelliklerini örüntüleri sınıflandırmaya, modeller inşa etmeye, sonuçlar tahmin etmeye ve kararlar vermeye yönelik olarak eğiten “sinir ağları”nı tanıtmaktadır. Temel kılavuzlu ve kılavuzsuz sinir ağları algoritmaları tanıtılacak ve bunlar fMRI, EEG, MEG, EOG, EMG ve ECG gibi biyolojik sinyaller üzerine uygulanacaktır. Yapay sinir ağları ve biyomedikal sinyal işleme ortak alanındaki en son gelişmeler ders kapsamındadır.

Teknik Seçmeli

MIN 539 Biyo-esinli ve Klasik Optimizasyon

Karar vermeye yönelik çeşitli problemlerde doğru optimizasyon kritik öneme sahiptir. Bu ders kısıtlı ve kısıtsız optimizasyon problemlerinin çözümü için fikirler ve yöntemler tanıtmaktadır. Yöntemler arasında hem geleneksel hem de biyolojiden esinlenilmiş yaklaşımlar bulunmaktadır. Geleneksel yöntemler arasında temelde gradiyent bazlı yöntemler ve doğrusal&konveks programlama varken; biyolojiden esinlenilen yöntemler, evrimsel programlamadan sinir ağlarına ve koloni zekasına uzanan geniş bir yelpazede yaklaşımları içermektedir. Tüm yöntemlerin teorik formülasyonları bunların avantaj ve dezavantajlarını, kullanımlarını belirterek sunulacaktır. Tamamlayıcı olarak, bu formülasyonların yaygın görülen problemlerde uygulanabilirliğini göstermek amacıyla ders bilgisayar alıştırmalarıyla desteklenecektir.

Teknik Seçmeli

MIN 550 Sistem Nörobilimi

Nöronlarda elektriksel ve kimyasal sinyalleme tanıtılacaktır. Merkezi sinir sisteminin alt bileşenleri, morfolojik ve işlevsel yönleri işlenerek yoğun bir şekilde çalışılacaktır. Görsel, işitsel, kokusal ve somatosensöriyel yolaklarda duyusal işleme tartışılacak ve her bir sistem için laboratuvar deneyleri gerçekleştirilecektir. Motor devreler ve otonom sinir sistemi çalışılacak; klinik kanıtlar dahil edilecektir.

Teknik Seçmeli

MIN 555 Bilişsel Nörobilimin İlkeleri

Bu ders bilişsel sinirbilimin yapıtaşlarını hem yöntemsel hem kavramsal olarak tanıtmaktadır. İşlevsel manyetik rezonans görüntüleme, elektroansefalografi, göz-izleme gibi temel yöntemler ayrıntılı olarak çalışılacak ve bu ölçümlerin altında yatan fizyolojik temeller tartışılacaktır. Bu araçları kullanarak beyin işlevinin ölçümü etkin katılımlı alıştırmalarla örneklenecektir. Beynin dil, hafıza, dikkat, yönetimsel işlevler gibi temelleri ve bunların nörobilimsel altyapısı kavramsal olarak araştırılacaktır. Psikiyatride ve nörolojide klinik örnekler (örn. Şizofreni, depresyon, Parkinson Hastalığı) ve etkin araştırma alanları (yaşlanma, gelişme, atıl durum) tanıtılacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 701 Sağlık Bilişim Sistemleri ve Telesağlık için Ağ İletişimi

Bu ders, sağlık bilişimi bakış açısıyla bilgisayar ağ iletişiminin temellerini özetleyerek, öğrencileri telesağlığın temel kavramlarıyla tanıştırmaktadır. Bilgisayar ağ iletişimi konuları arasında donanım ve yazılım bileşenleri, protokol katmanları, uygulama katman protokolleri, soket programlama, İnternet protokolü, çoklu-ortam ağ iletişimi ve bölgesel alan ağları bulunmaktadır. Telesağlık konuları tarihçe, tanımlar ve güncel uygulamalardan başlanarak tartışılacaktır. Daha sonra, başarılı telesağlık projelerinin avantajları ve bunların kısıtları üzerinde durulacak, telesağlık proje türleri tartışılacak ve güvenlik ile yasal sorunlar işlenecektir. Sanal gerçeklik gibi daha ileri düzey konular da sunulacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 702 Sağlık Bilişiminde Değerlendirme Yöntemleri

Sağlık bilişimi çok-yüzlü disiplinlerarası bir araştırma alanıdır. Bu alanda, klinik bilişim sistemlerine, doğru araştırma tasarımına, sürdürülmesine, ölçüm tekniklerine, çalışma analizlerine, geniş kapsamlı nicel ve nitel tekniklere gereksinim olduğu açıktır. Bu ders, tüm profesyonel düzeydeki tıp bilişimcileri için faydalı olacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 703 Tıbbi Görüntüleme Uygulamaları

Bu ders tıbbi görüntüleme uygulamalarına ve Radyoloji Bilişim Sistemlerine genel bir bakış sunmaktadır. X-ışını radyografisinin pratik uygulamaları, hesaplı tomografi, manyetik rezonans görüntüleme, ultrason ve ultrasonografi, Doppler ultrasonu ve Doppler ultrasonografisi, hesaplamalı radyoloji, dijital radyoloji, radyoloji bilişim sistemleri ve diğer tıbbi görüntüleme teknikleri kısaca tanıtılacaktır. Tıbbi görüntüler üzerinde çeşitli görüntü işleme uygulamaları klinik ve teknik bakış açılarıyla tanıtılacaktır.

Teknik Seçmeli

MIN 704 Belirsizlikte Muhakeme

Belirsizlik modelleri ve bilgi gösterimleri: belirsizlik çeşitleri (tahmine yönelik, geriye dönük, tanısal, kuralcı) ve belirsizlik ölçüleri (tam olmama, kesin olmama). Bilginin entropi ve küme-teorik gösterimi. Belirsizliğin en aza indirgenmesi. Belirsizlikte karar verme. Tıp bilişimine uygulamaları.

Teknik Seçmeli

MIN 710 Tıp Bilişimi için Veri Tabanı Uygulamaları

İlişkisel veritabanı yönetim sistemlerinde Veritabanı Yönetimi Sistem Teorisi: E-R diyagramları, Normal Formlar, Hareket İşleme. SQL veri sorgu dili. Bu konularda Sağlık Bilişimi Sistemlerinden örneklerle ödevler ve alıştırmalar. Nesne-yönelimli veritabanları, ve bunların tıp bilişiminde kullanımı. Sağlık Bilişim Sistemlerinde arketipler ve semantik sistemler. Tıp bilişiminde birlikte çalışabilirlik ve meta-veri üzerine standartlar.

Teknik Seçmeli

MIN 711 Tıbbi Görüntü Analizinde İleri Konular

Bu ders, tezlerini tıbbi görüntü analizi alanında yapmak isteyen lisansüstü öğrencilere yöneliktir. Tıbbi görüntü analizinde çeşitli ileri düzey konular tanıtılacaktır: doğrusal olmayan görüntü iyileştirimi, organ segmentasyonu, lezyon tespiti, dalgacık dönüşümü, özellik çıkarımı, bilgisayar destekli tanılama, etkin şekil modeli, çok modlu birleştirme, içerik temelli görüntü kazanımı, cerrahi navigasyon için arttırılmış gerçeklik.

Teknik Seçmeli

MIN 715 Sağlık Hizmetleri için Gelecek Çalışmaları

Bu ders, geleceği ve sağlık hizmetleri sunumumuzu biçimlendiren sorunların ve eğilimlerin en önemlilerini gözden geçirerek temel varsayımlar ve teorileri işlemektedir. Ders boyunca dört temel öngörü becerisi işlenecektir: Geleceği yaratma (ürün ve hizmetlerin inovasyonu), geleceği keşfetme (modeller, eğilim belirleme ve hizmetler), geleceği planlama (paylaşılan hedefler ve süreçler geliştirme) ve geleceğe katkı sağlama (ölçülebilir pozitif çevresel, sosyal veya ekonomik sonuçlara ulaşma). Gelecek çalışmalarının büyük resmi evrensel, tarihsel ve teknolojik boyutlarda hız kazanan değişimlerin öyküsü üzerinden keşfedilecektir. Sağlık hizmetlerinde gelecek eğilimleri ve ortaya çıkan yaklaşımlar ile biyoloji, psikoloji, toplum ve kültürün gelecekle ilgili düşünmeye nasıl katkıda bulunduğu veya bunu nasıl kısıtladığı tartışılacaktır. Organizasyonların gelecekle ilgili hesapları nasıl yaptığı işlenerek öğrenciye çeşitli alanlardaki kariyer beklentilerini keşfetme fırsatı verilecektir.

Teknik Seçmeli

Ders Çizelgesi

MIN 717 Mobil Sağlık

Mobil teknolojilerin sağlık bilişimi ile bütünleştirilmesi “msağlık” veya “mobil sağlık” olarak adlandırılan yeni bir inovatif araştırma disiplinine zemin hazırlamıştır. Bu ders; temel düşünceler, araçlar, vaka çalışmaları ve taşınırlığın sağlık sektörüne katkılarını kapsayacaktır. İşlenecek konular arasında; taşınır ve kablosuz kavramları, mobil sağlık ve yönetim için tıp bilişimi, hastanede ve farklı ortamda hasta izleme, tıbbi beden sensör ağları, bağlam-farkında sistemler, mobil sağlık performansı bulunmaktadır. Bu ders, teorik kavramlara ilişkin tartışmalar, vaka çalışmaları, kısa sınavlar, kritik okuma ödevleri, bir arasınav ve bir dönem projesi içermektedir.

MIN 720 Biyomedikal Uygulamalar için Örüntü Sınıflandırması

Karar vermede bir araç olarak örüntü sınıflandırmasına giriş. İstatistiksel yaklaşımlar. Bayes Sınıflandırması. Parametre Tahmini. En yakın komşu kuralı. Doğrusal Diskriminant İşlevler. Sinir Ağları. Destek Vektör Makineleri (Support Vector Machines). Ağaç sınıflandırması. Çoklu-sınıflandırıcılar. Kümeleme. Biyoloji ve tıpta çeşitli uygulamalar.

Teknik Seçmeli

MIN 8XX

Özel Çalışmalar

Özel Çalışmalar

MIN 9XX

İleri Çalışmalar

İleri Çalışmalar